配線図を見直す。こんな感じ（本職丸出しか）

変換基板のピン配置UNOで必要な分だけ。

重ねて合成してみる。

Ｘ４端子がいいとこに来てるのが解る、これで無粋なジャンパを変換基板に匍わせる必要性が結構減る。おしいのも結構多い。

基板裏面を反転して合成してみた。RXが合ってるのは解る。

マザー上のＬＥＤ配線は使わない前提だが、パワーＬＥＤでちょっと問題有るかも知れない。基板上でプルアップが必要なのは、Resetと、DTR（本来、DFU用のＨＷＢで、Arduino側でわざとやってると思う・・引き出しておかないと面白く無いからね）
右側の必要な、５本の内Xtalは変換基板上で処理してしまうので問題無い。残り３本の内Gndは、UGndと同じでいいので、残り二本を移動するか下に有るLED端子で、USBに直結する。
感では・・D-/D+に乗るダイオード（ショットキーでもいい）と、22Ωの抵抗が変換基板上で処理出来ればUSBコネクタに直結すればいいので強引UEWとかで引っ張っていけばいいと思う。中継にマザーのLED端子が使えるはず。

これだとたぶん、mega8u2の変換基板部分の回路を壊さないでマザー側の改造だけで処理出来そうだ。UEWで接続しなきゃいけない部分は３本って事になる。（丁度ＬＥＤ用の空きも３個だし）
あとはマザーのパターンカットと、ジャンパで済む、個人的にはメッキ線で配線するのが好きだからそれで進める。

ついでなので、全部合成した物

逆に解りにくくなるが、必要な線のほとんどに何か繋がってる事が解る。つまり行き先が空のランドとかなら、そこから本来と違う場所にジャンパを飛ばせばいい事になる。

ちょっとパワーＬＥＤの設置場所に困ってる。ＬＥＤの端子までマザーに持って行けるので変換基板の向かって左側にVCCやＧＮＤを引き回す必要が無いのだ。結果折角ついてる変換基板の左端のランドを使えない、わざわざ引っ張る理由は皆無かも知れないし・・マザーに設置する事で考えて見る。
この構造だと、ＬＥＤもアレンジ出来そうに思う。

クリスタルを裏に付けるか表につけるかまた悩んでる、方向性は無いので、どっちでもいいのだが・ソケット使うなら裏、直に付けるなら表って言う感じだ。
今回私は、短いピンソケット経由で直に付ける気なので表になると思う。

直に付けちゃっても、シリアルコンバーターにはなるので、大きいの気にしなければ１個で済むのはいい事だと思う。

まだ真剣に見てないが、ピンソケット側の、Vinから、7-16V入れれば、5Vに変換するようにも出来そうだから失うのは、DCコネクタだけで・・USB-ACコンバーター使えば、直接5Vを投入出来ると言うメリットの方が大きいと思う。
くれぐれも、UNOや、Duemilanovaが持ってる自動入力交換は積んでないので（秋月の仕様です）そこは諦めて下さい。Arduinoの回路を複雑に見せてるのもほとんどそこだし・・あれ抜くと珍しいとこは、何処にもないです。

では！